外国人在日本注册公司主要需要注意以下方面。

首先，外国人在日本未持有长期签证，所以不可申请日本银行个人账户和住民票（可以理解为身份证）。按日本的政策规定，没有住民票就不能签订租赁合同，租借办公室或商铺。没有个人账户那么就无法从境外汇入注册资本金。因此，外国人在日本开设公司需要委托一位在日本有个人账户及住民票的人成为日本代表。成立日本公司后，开设公司帐户，将资本转移到公司帐户，之后日本代表退出即可。

其次，如果希望注册日本公司，在日本开设事业并经营，以此申请日本经营管理签证，那么注册公司的注册资本要合理。

最后，虽然日本公司名称选择自由，中文、日文、英文皆可，无需核名，重名也可以申请。但是要注意，含有信托、银行、生命保险等以及生僻的汉字是不可以的，另外，知名品牌或已经注册商标的名字也不能使用。