在日本注册公司（常见为株式会社）时，注册资本金可以根据法人的需求来决定，没有过多限制，最低1日元的注册资本金也是没问题的。换句话说，日本对新设立公司的注册资本金额没有要求，也没有注册资本金的实缴制度。在日本公司的设立阶段，需要往发起人的个人账户内汇入这笔注册资本金。

例如，想申请日本经营管理签证，要求申请人在日本成立公司（株式会社），那么就建议注册资本金最好在500万日元以上，并且能够合理解释公司注册资本金的来源，以及说明要在日本开展的业务（经营内容不限，可选择多种，特殊行业需要相关的资格许可）。达成条件之后，就可以向日本入国管理局，提交经营管理签证的申请。

综上所述，在日本注册公司时，资本金的金额设定的确需要好好考虑一下。